Es besteht eine Zonierung (Einteilung) in die:
Zone 1 – nutzungsfreie Kernzone (Naturentwicklungsgebiet, geschützt als Naturschutzgebiet)
Zone 2 – Pflegezone zur Bewahrung wertvoller Natur- und Kulturlandschaften mit naturverträglicher Nutzung als Naturschutzgebiet, auch als Pufferzone für die Kernzonen (Zone 1)
Zone 3 – Entwicklungszone (Landschaftsschutzgebiet) mit naturverträglicher nachhaltiger Nutzung und zum Schutz der Schönheit des Landschaftsbildes einschließlich der eingebetteten Ortschaften
Das Biosphärenreservat Schorfheide-Chorin muss daher als Ganzes betrachtet werden. Der Schutz der Zonen 1 und 2 hat nur dann Bestand, wenn die Entwicklungszone 3 ihrer Funktion gerecht wird. Es handelt sich bei dem Landschaftsschutzgebiet (LSG) Schorfheide-Chorin um ein „LSG von zentraler Bedeutung“, an das ein höherer Schutzstandard anzulegen ist als ein „normales“ LSG entsprechend der gültigen Bundesgesetzgebung.
Die Entwicklungszone 3 hat folgende Aufgaben zu erfüllen:
- Sie umfasst den Hauptteil des Gebietes (>78 % der Fläche) als Landschaftsschutzgebiet
- Förderung einer nachhaltigen Entwicklung, wie naturverträglicher Tourismus, ökologische Landwirtschaft; dazu tritt auch eine ökologische Forstwirtschaft, die Förderung regionalen Handwerks und extensiver Fischerei.
- Die Renaturierung devastierter Flächen und der Schutz des natürlichen Wasserhaushalts sind ebenfalls bedeutsame Aufgaben.
- Unverzichtbar sind Umweltbildung und die Bildung für eine nachhaltige Entwicklung, die von der Naturwacht (Rangern) des Schutzgebietes sowie von Bildungseinrichtungen mit diesem Profil vermittelt wird.
- Hier werden zukunftsfähige Energie-Konzepte erprobt, alternative Wirtschaftsformen in Land- und Forstwirtschaft können in der Praxis überprüft werden
- Die Zone 3 ist vor allen anderen Bereichen der Ort, wo der Begriff der Modellregion Gestalt annehmen soll, unter Beteiligung bzw. als Initiative der Einwohnerschaft des Gebietes
Die Pflegezone 2 (19 % der Fläche) besteht aus Naturschutzgebieten mit eigenen Verordnungen, die den Charakter des Gebiets und seine Schutzgüter beschreiben. Sie liegen überwiegend in Waldgebieten und schützen dort artenreiche Waldgemeinschaften, Moore, Brüche und weitere Gewässer. Die Nutzung der Wälder soll in nachhaltiger Weise erfolgen, Kahlschläge sind ausgeschlossen, Bewirtschaftung mit Rückepferden wird gefördert. Internationale Schutzsiegel wie das FSC-Siegel werden den Waldeigentümern empfohlen. Der Landeswald und die meisten Kommunalwälder im Reservat sind FSC-zertifiziert. Artenschutz für bedrohte und seltene Tier- und Pflanzenarten hat Vorrang und wird aktiv betrieben.
Ist Offenland als Naturschutzgebiet ausgewiesen, soll auch die Landwirtschaft in schonender Weise betrieben werden. Grünland darf nicht umgebrochen werden, Gewässer sind vor dem Eintrag schädlicher Stoffe zu bewahren. Pestizideinsatz soll unterbleiben, der ökologischen Landwirtschaft ist der Vorzug zu geben, sie ist zu fördern.
Die Kernzone 1 (3 % der Fläche) bezeichnet ausschließlich Gebiete, die aus der menschlichen Nutzung genommen worden sind aufgrund ihres besonders hohen ökologischen Wertes für die Lebensvielfalt in der Natur. Sie sind ebenfalls per Verordnung als Naturschutzgebiet geschützt. Dort wird nicht mehr eingegriffen und reguliert, die natürlichen Abläufe bestimmen sich aus sich selbst heraus. Eine Wildbestandsregulierung soll jedoch weiterhin nach Maßgabe der Reservatsverwaltung stattfinden. Die wissenschaftliche Begleitung der natürlichen Prozesse erfolgt in Form eines Monitorings der verschiedenen Artengruppen der Flora und Fauna. Die Ergebnisse werden global zur Verfügung gestellt.